Ada 4 program unggulan yang ada di SD Islam Al Mujahidin :
1. Siswa mampu menghafal Al-Quran juz 29 dan 30.
2. Siswa dapat mempraktekan gerakan sholat, hafal doa-doanya serta tahu maknanya dengan benar.
3. Siswa mampu mencapai indek prestasi nilai sekolah dengan memuaskan.
4. Terbentuknya akhlak yang mulia dan kemandirian siswa dalam kehidupan sehari-hari.
Untuk mencapai tujuan tersebut SD Islam Al Mujahidin melaksanakan Program Sekolah Boarding School. Kegiatan ini dimulai pada tahun pelajaran 2015-2016 sampai dengan sekarang. Kegiatan ini wajib diikuti oleh siswa-siswi kelas 6 SD Islam Al Mujahidin. Alhamdulillah program ini sudah berjalan 5 tahun dan sudah meluluskan 5 angkatan.
